การเฝ้าระวังปัญหาเอดส์ของประเทศไทย ได้พัฒนาก้าวหน้าไปอย่างมาก โดยได้มีการปรับปรุงและพัฒนาระบบ ทั้งด้านระเบียบวิธีการเฝ้าระวัง มาตรฐานการเก็บข้อมูล ประเภทและชนิดของข้อมูลที่ดำเนินการเก็บ และประชากรที่ทำการเฝ้าระวัง อยู่เสมอให้ทันกับสถานการณ์ของปัญหา


ในปัจจุบัน การเฝ้าระวังปัญหาเอดส์ ประกอบด้วยระบบเฝ้าระวังย่อย 7 ระบบ ได้แก่

1. ระบบเฝ้าระวังพฤติกรรมที่สัมพันธ์กับการติดเชื้อเอ็ชไอวี
2. ระบบเฝ้าระวังการติดเชื้อเอ็ชไอวี
3. ระบบเฝ้าระวังอุบัติการณ์การติดเชื้อเอ็ชไอวี
4. ระบบเฝ้าระวังเชื้อเอ็ชไอวีดื้อยา
5. ระบบเฝ้าระวังผู้ป่วยเอดส์โดยการรายงาน
6. ระบบเฝ้าระวังเด็กที่คลอดจากแม่ที่ติดเชื้อเอ็ชไอวี และ
7. ระบบเฝ้าระวังอาการไม่พึงประสงค์จากการใช้ยาต้านไวรัส